Mfox
В описанной тобой ситуации (всего одна учётная запись) я вижу такой выход: сделать две учётные записи с разными настройками (одна без прокси, другая с ним), для хранения почтовых сообщений выбрать Локальные папки (возможно подойдёт и любое другое общее расположение), выключить автоматическое получение почты при запуске и каждые N минут, настроить разные smtp и получать/отправлять почту вручную для определённой учётной записи в зависимости от места нахождения.
P.S. Не проверялось, просто идея.

В Tb можно создать несколько профилей. Это делается запуском с ключом -p. Подробнее - в FAQ.

Письма, конечно же, будут находиться в двух профилях одновременно. И проблему это решает. Потому что местонахождение папки писем Вы указываете отдельно в свойствах каждого аккаунта внутри профиля, оно не обязано быть непременно внутри папки профиля.

Тем и закончилось, что написал простую и удобную программу на Turbo Delphi используя Indy компонент для туннелинга TCP.

Общая структура работы:
1. В Thunderbird прописаны локальные порты и локальный хост.
2. В Httpport туннелируются порты от моей программы до места назначения.
3. В моей программе в зависимости от имени машины, установленной в настройках, туннелируются от Thunderbird до Httpport или сразу от Thunderbird до места назначения.
Например для pop:
1. Удаленный сервер pop.mail.ru:110
2. В Thunderbird прописано для приема почты у почтовой записи сервер localhost:19110
3. В Httpport local server: localhost:9110; remote server: pop.mail.ru:110
4. В моей программе существует несколько профилей, например два, для выхода из дома без прокси, тогда будет туннелироваться local server: localhost:19110; remote server: pop.mail.ru:110 и на работе через прокси: localhost:9110; remote server: pop.mail.ru:110
Т.е. в случае выхода через прокси с использованием Httpport имеем цепочку из двух туннелированных портов.
С smtp аналогично.

Что умеет программа:
1. В настройках профиля прописано имя компьютера, при котором запускать конфигурацию, можно конфигурацию также запускать вручную или через командную строку, в случае если невозможно привязаться к имени компьютеров (хотя это не так удобно).
2. Поддерживается неограниченное (ограничено незанятым количеством портов :-) количество учетных записей для туннелинга. При этом есть момент по возможности оптимизации учетных записей, если часто используется один и тот же сервер pop, его можно использовать по умолчанию, т.к. в нем нет необходимости для каждой учетной записи туннелировать порты. А вот с smtp сложнее и связано это с невозможностью правильной работы  Thunderbird или с моим нежеланием разобраться в работе с серверами исходящей почты в Thunderbird о чем писал ранее (для меня проще было прописать для каждой учетной записи свой сервер исходящей почты и туннелировать его отдельно).
3. Для каждого профиля можно задать два исполняемых файла, которые будут автоматически запущены после запуска моей программы с указанным существующим профилем. После запуска исполняемой второй программы в настройках, моя программа следит за ее завершением и автоматически завершается сама при этом первую программу моя программа завершает автоматически.
Например, 1 программа на выполнение Httpport, вторая Thunderbird. Теперь достаточно запускать мою программу для того, чтобы работать в разных местах, она делает все остальное. Единственное, что необходимо в самом начале прописать правильно порты для туннелинга в моей программе, в Thunderbird и в Httpport.

Если будут желающие, выложу программу на пользование.

Mfox

Выкладывай конечно. А желающие всегда найдутся
Более широкое тестирование, опять же, никогда не помешает...

У меня вот такая проблема (http://forum.mozilla-russia.org/viewtopic.php?id=19354), скажите, плз, может ли Ваша программа мне помочь?

Гениально! Все работает! Большущее Вам спасибо!!!!

А HTTPport точно был запущен? А в во вкладке System в месте для Errors ничего не было написано?
И еще может быть режим "bypass mode" во вкладке proxy переключился на remote....что не есть правильно....

Вчера неожиданно HTTPport перестал работать. Выдает такое сообщение в браузере:

You are being brought to this page because HTTPort has run out of available public free HTTHost servers. This most probably means that the server is down and you'll have to wait until it's up again (this is normally within days). Next possible cause would be that your proxy intentionally blocks the public server location, thus making it impossible for HTTPort to work altogether. You should now stop HTTPort, then replace the httport.lst file found in the HTTPort installation directory with this one (unzip it before replacing) and then start HTTPort again. If you don't want to go through this hassle again, examine the contents of that file and enter the server name and port under your HTTPort's "Use personal remote host at" fields. This way it won't require file replacement, but rather only a restart.
Please see HTTPort forum and FAQ if you have more questions.

Я скачал указанный там файл, заменил его, ничего не поменялось.

Что делать, не знаете?