2Surok: на данный момент (т.к. никто не отозвался), я начал рыть в сторону так называемых Trouble Request System.
В результате остановился на опытной эксплуатации OTRS. Пока что она покрывает все мои потребности с головой.

Задача стояла в том, чтобы, как минимум, я мог точно знать какой из моих сотрудников взял в работу отдельный email.
Для этого я планировал модифицировать пришедшие, и хранящиеся на IMAP, письма некими X-тегами, -- например X-Worker=Pupkin.
Далее собирался научить TB показывать мне эти самые X-теги в интерфейсе, чтобы иметь возможность манипулировать ими.
Такая возможность, по крайней мере на уровне кода, была на тот момент заявлена в TB2.0.
Попробовав бету (на тот момент) означенной версии я столкнулся с тем, что код, ответственный за реализацию той фичи был крив.
После этого я отправился на, давно заброшенный мной irc, и после пары дней общения на каналах, посвященных почтовым системам, выяснил, что подхожу к проблеме не стой стороны.
Такая задача была поставлена довольно давно, и для ее решений зачастую используются Trouble Request Systems. Одной из наиболее мощных и передовых, является проприетарная OpenView, -- она, по слухам, т.к. мне не представилось возможность ее обследовать, накрывает не только эту задачу, но и ряд других.
Конечно же эта ниша рынка не могла долго оставаться без внимания в мире OSS. На мой взгляд одной из заслуживающих внимания систем такого класса является OTRS (http://otrs.org) -- германская разработка. Она довольно динамично развивается, и хотя в ней присутствуют известные проблемы с кирилическими кодировками (я имею в виду кодировку т.н. attachments) -- тем не менее она вполне пригодна к употреблению. Быстро оценить ее пригодность к использованию можно на указанном выше сайте, -- там должна быть демо-версия системы.
Если вкратце, то:
система, используя X-теги модифицирует письма (если в качестве источника используется e-mail), соответственно если сопровождаемая организация ответит на ваше письмо, то оно "уложится" в соответствующую цепочку;
позволяет раскладывать заявки по очередям, в зависимости от определенных критериев;
уведомление о переоткрытии заявки, блокировки, эскалации и проч.;
хранилище в MySQL, но возможно и в других СУБД, хранение attachments возможно на файловой системе;
система реализована на PERL;
и проч.. и проч и проч...
PS: Надеюсь я не злоупотребил хорошим настроением местного админа, тем что отклонился от темы и привел ссылку? В любом случае, я старался просто описать свои злоключения.

Не стал заводить новой темы, но вопрос у меня в другом. При создании настроек IMAP  в настройках исчезает пункт Скачивать заголовки. Можно ли сделать так, что при просмотре заголовков и удалении их, письмо удалилось с сервера не закачиваясь. Как в мыши. Если грохнуть уже принятые сообщения, то они уже не закачиваются потом, а лежат на серваке(в моём случае майл ру) как мусор, который нужно заходить и чистить потом. Через браузер, или учётную запись с РОР3 Ну очень всё не удобно сделано в этом случае. Может есть какой то выход? Хочется удалять заголовки с удалением полностью этих сообщений на сервере. Подскажите. Возможно, я не разобрался в настройках и что то не так делаю.

Сжатие папки Входящие при выходе удаляет удалённые сообщения с сервера mail.ru? Нет, эта галка не стоит в браузере.

Вроде удаляет, осталось научить заголовки показывать и удалять их с удалением сообщений на сервере целиком не закачивая тело письма..