Есть для этого расширение, но оно спасает только от тех, кто не знает, как сносить расширения. Profile Password - притом JS-версия немного более защищенная, но тоже небезупречна. Как вариант, можно поставить стороннюю программу для шифрования папок, настроить, чтобы Thunderbird и его профили были в одной папке (можно поставить Portable-версию), и повесить пароль с шифрованием на папку целиком.