Обе проблемы очень для меня старые, но тут наконец-то меня выбесили.

Первая проблема:
Имеется:
два компа, рабочий и домашний, оба работают под Ubuntu, Thunderbird обновлен до последней версии.
На каждом из компов настроена по IMAP корпоративная почта, в ней дерево папок, всего более 50 штук (около 70-ти наверное).
корпоративная почта на данный момент Outlook Web App, была CommuniGate Pro, проблема от этого не зависит.

Проблема: после установки Thunderbird и первичной настройки все работает без проблем. Спустя какое-то время нарушается сортировка папок в дереве. Т.е. метод сортировки папок Thinderbird нарушается, почему-то последняя папка вдруг становится первой. Но список не инвертируется.