Обе проблемы очень для меня старые, но тут наконец-то меня выбесили.

Первая проблема:
Имеется:
два компа, рабочий и домашний, оба работают под Ubuntu, Thunderbird обновлен до последней версии.
На каждом из компов настроена по IMAP корпоративная почта, в ней дерево папок, всего более 50 штук (около 70-ти наверное).
корпоративная почта на данный момент Outlook Web App, была CommuniGate Pro, проблема от этого не зависит.

Проблема: после установки Thunderbird и первичной настройки все работает без проблем. Спустя какое-то время нарушается сортировка папок в дереве. Т.е. метод сортировки папок Thinderbird нарушается, почему-то последняя папка вдруг становится первой. Но список не инвертируется.

Несколько лет назад нашел модуль, который позволяет сортировать папки вручную. Теперь запускаю TB, первым делом запускаю пересортировку, выбрав метод Tunderbird, т.е. по алфавиту. Поскольку перезапускаю почтовик не часто, то терплю это давно, а что делать, иной порядок сортировки крайне неудобен.

Вторая проблема:
Имеется:
После первоначальной настройки почты пробегаюсь по свойствам всех каталогов и выставляю им галочку "При получении почты всегда проверять эту папку. В ином случае при появлении в каталоге письма папка не подсвечивается, и я не знаю о том, что пришла новая почта. Установка галочки решает это неудобство.

Проблема:
В какой-то момент папки перестают подсвечиваться при наличии новой почты, оказывается, что настройки слетают. Приходится их восстанавливать. Вот последний раз настраивал учетку заново в связи с переездом в Аутлук, теперь галочки вообще не хотят ставиться, вернее ставятся, но после перезапуска слетают. Проставить их на 70-ти папках уже не так легко, как пересортировать каталоги.

При этом обе проблемы в обоих почтовиках (дома и на работе) совершенно не синхронны. Т.е. сейчас на работе все работает, а дома ничего работать не хочет, хотя дома система и сам почтовик установлены по сравнению с компом на работе относительно недавно. Хотя раньше как раз все было наоборот, на работе почта постоянно ломалась из-за того, что там комп уже пережил ни одно обновление операционки, а дома все было свеженькое. Получается, что все как-то внезапно ломается, а потом может так же внезапно начать нормально работать.

Простите за много буков, хотел расписать как можно подробнее.