Изменить можно через userChrome.css (положить картинки где угодно и указать путь к ним) или забравшись архиватором в файл .jar темы в папке chrome и заменив оригинальные на свои.

Готовые коллекции мозилльных иконок - есть такой проект: http://iconpacks.mozdev.org/

Или можно скачать кучу разных тем, распаковать их архиватором, выбрать то, что нравится, или нарисовать свои, или взять любые картинки и изменить их по размеру и расширению.

Для начала разархивируй копию
C:\Program Files\Mozilla\chrome\modern.jar
посмотри как там что.

А стандартные по умолчанию это Классик или Модерн?
Вроде бы в Модерн вполне себе нормальные картинки.

У себя в теме Pinball иконки закладок вообще отменил, а папки меня устраивают.

/* убирает значки закладок на панели закладок */
.bookmark-item:not(.bookmark-group):not([type="menu"]) > .toolbarbutton-icon {
  display: none;
}

Для каждой папки свой значок - боюсь не получится, они в CSS описываются как класс. Можно поменять все папки на панели или (и) отдельно все вложенные папки.

Проект закрыл для себя Фонд Мозиллы, зато открылось отдельное комьюнити:

http://wiki.mozilla.org/SeaMonkey:Home_Page

Название пока не утвердили, разработку продолжат многие прежние разработчики, Фонд Мозиллы помогает.

Завтра-послезавтра выйдет 1.7.6 от Фонда Мозиллы, когда что-то будет от нового комьюнити пока не известно.

По удобствам у Файрфокса есть свои плюсы и свои минусы по сравнению с Мозиллой. В моей коллекции преимуществ Мозиллы по мнению пользователей Мозиллы пунктов 20 наберётся. Расширений намного больше для Файрфокса. В общем, это дело субъективное, проще поставить параллельно и сравнить. По безопасности - даже и не знаю какие меж ними могут быть отличия.