Синхронизация —это не бэкап и не личное облако. Синхронизация происходит по определённым правилам. И происходит не перенос, а именно объединение с замещением старых данных новыми, изменёнными неизменённых и так далее. Управлять синхронизацией нельзя.

Она вообще не идёт ни с ПК на смартфон, ни со смартфона на ПК. Она идёт из хранилища Mozilla, все ваши данные хранятся именно там. Вы что-то там сделали с браузером на ПК — синхронизация сравнила данные браузера и решила, что они новее. Синхронизировала с заменой и удалением файлы в хранилище. Включили андроид — на нём данные более старые, чем в хранилище — они стали перезаливаться на смартфон. С заменой и прочими приключениями.
Может кто-то поопытнее объяснит более верно.

Можно попробовать закрыть браузер на десктопе, установить портативочку и, запустив её, возможно данные, находящиеся в хранилище (те что остались) перельются на ПК. А перенести их с портативки в рабочий браузер можно просто копированием файлов.

И по вопросам синхронизации — добро пожаловать в специальную тему.

тема - https://forum.mozilla-russia.org/viewtopic.php?id=61791