1. Можно через click-to-play.
[ как включить ] [ как работает* ] [ как создавать исключения ]

2. Можно просто отключить плагин Java и включать его только для определённых сайтов (см. выше по ссылке «как создавать исключения»).
__________
* В статье рассмотрен пример отключения плагина по причине его устаревания, а не блокировки пользователем. Но смысл понять можно.