Понимаю, что ранее об этом писали, но я кажется понял, где собака порылась.

Вот сообщение от funtik:
"У меня несколько учётных записей.  У всех настройка "Общая папка Входящие" находится в Локальные Папки.
Я убираю все галки в Анти-спам фильтре для каждой учётной записи и ставлю галки для Анти-спам фильтра в Локальные папки.
жму окей.

Вновь открываю настройки учётных записей. А там полный бардак. Во всех учётных записях для Анти-спам фильтра по своему выставились галки (везде по-разному).
Как только не выставлял там галки, всегда сбрасывает при следующем открытии."

Дело вот в чем - когда создаешь учетную запись, то по умолчанию, к учетной записи создаются свои папки на входящие, спам и т.д. Так вот когда для данной учетной записи назначаешь все папки общие "локальные папки" ("параметры сервера-->хранилище-->дополнительно" и в "копии и папки")  а настройки анти-спам фильтра не трогаешь, то после перезапуска корректно анти-спам фильтр для этой учетной записи не настроить.

То есть для корректной настройки надо настроить обратно на использование отдельных папок для учетной записи, поменять настройки анти-спам фильтра на загружать в "локальные папки", перезапустить, поменять настройки на использование этой учетной записью только "локальных папок" и  перезапустить ещё раз.

У меня версия 14