У меня похожая проблема. Перенесли домен на другой хостинг, не меняя у самих почтовых ящиков названий (только пароли).
Всего перенесли 5 ящиков, у четырех все ок, Тандербёрд запросил новые пароли и продолжил работать. А у одного ящика (самого главного для нас) пропали все письма из папки "входящие". При  этом в отправленных и др. папках письма на месте.
Операционка Win7.
Помогите решить проблему.
Спасибо!)