Отвечаю сам себе, может кому-то пригодится. Создал локально две папки ham и spam и с помощью плагина smartsave https://addons.mozilla.org/ru/thunderbird/addon/2887 выбранные сообщения сохраняю в ту или иную папку. А дальше уже дело техники - по расписанию эти папки синхронизируются с папками на сервере, а на нем по расписанию запускается обучение bayes-фильтра.