ВОПРОС: В известном, почтовом клиенте Thunderbird есть функция "Мастер Пароль".
Читал в одном месте, что в качестве шифрования используется 3DES, но это не точно..

Как Вы думаете, достаточно ли это безопасный способ для хранения паролей или лучше каждый раз вводить в ручную?

3DES – это самый проверенный из всех ныне существующих симметричных алгоритмов. Куда интереснее, насколько корректно он реализован и насколько безопасна среда исполнения

Для всех криптоопераций в мозилловских продуктах применяется библиотека NSS. В плане реализации она вроде в порядке.

3DES надёжен, реализующая его криптобиблиотека тоже. Вопрос в том, надёжно ли приложение, использующее всё это хозяйство, т.е. сам Seamonkey/Firefox/Thunderbird. Не забывайте — уязвимость в программе теоретически может позволить злоумышленнику как прочитать пароли из зашифрованного хранилища (при условии кэшированного мастер-ключа), так и "тупо" установить Вам трояна, который просто перехватит все интересующие данные.

... использовать хранилище браузера/мэйл-клиента для критических паролей вряд ли разумно. Но это и не значит, что такое обязательно вредно. Определённый ответ на этот вопрос требует учёта слишком большого множества факторов. Ради примера скажу, что у меня в Thunderbird пароли к ящикам хранятся в хранилище программы, при этом шифрование вовсе отключено. Однако, для обычной Windows-машины я бы подобную практику не рекомендовал.

Алгоритм может быть оценён с разных позиций: скорость, степень его иследованности, общая предполагаемая устойчивость к криптоатакам (включая те, что будут, возможно организованы в будущем) и т.д. Как правило в серьёзных продуктах используется один из следующих трёх алгоритмов: AES, Blowfish и Twofish. При прочих равных лучше ориентироваться на них... 3DES в списке нет, это не означает что он "взломан", но означает что при прочих равных есть алгоритмы куда лучше по совокупности своих характеристик