Сохранить файлы из папки /bookmarkbackups и файл places.sqlite. Все файлы находятся в профиле.

Если не хочется ковыряться в файлах профиля, можно нажать Ctrl+shift+B (зайти в Закладки - управление закладками), выбрать "Импорт и резервирование" и сделать либо резервное копирование, либо экспорт закладок. В том и другом случае закладки сохраняются в виде файла в выбранном Вами месте. После переустановки нужно "прокрутить кино наоборот", то есть соответственно восстановить закладки из резервной копии или импортировать их.