Расширение обычно - jar-файл (по сути тот же zip), вместе с несколькими другими служебными файлами (вроде install.rdf и др.) упакованный в xpi-файл (по сути, снова тот же zip).
После установки расширения в каталоге extensions профиля лежат, каждый в своём подкаталоге, распакованные xpi-файлы.
Если у вас установлено и включено несколько расширений, то при запуске Firefox вынужден распаковать в памяти все jar-архивы и запустить их на выполнение, на что и тратится время.
Если расширение отключить, то его Firefox распаковывать не будет, поэтому скорость запуска будет одинакова в случае как отключения, так и полного удаления расширения. Поэтому полностью удалять расширения нет смысла, если планируется возвращение к их использованию.
Это лишь моё мнение, сформировавшееся после долгой работы в Fx, но я думаю, что прав.

В очень редких случаях аддон не удается нормально отключить. За этим был замечен ЯндексБар древних версий. В остальном разница только при открытии окна аддонов (минимальная) и при проверке на обновления. Проверка осуществляется по всем установленным расширениям. Я этим пользуюсь. Иногда я сохраняю напрочь несовместимое расширение, в надежде, что когда-нибудь автор выпустит новую версию, и я об этом узнаю.

Не обязательно:
http://technet.microsoft.com/ru-ru/sysi … 96642.aspx
или
http://technet.microsoft.com/en-us/sysi … 96645.aspx

По идее, папки внутри %profile%\extensions\ сравниваются с тем, что записано в файлах %profile%\extensions.*, и новое устанавливается.