у меня тоже такое было, я создавал фильтр, который должен был помечать новые письма звездой - ничего не проиходило, а вот ради прикола взял и поменял, поставил что если не сопадает что письмо старое то пометить звездой, т.е. пошол от обратного и фильтр работал нормально, помечал новые звездой.
вообщем странно проблема походу действительно есть, в вашем случае канешна мой способ не реализовать скорее всего, было бы не плохо чтобы ещё кто-нибудь проверил, ещё надо проверить расширения, может какое глючит хотя сомневаюсь.
у меня такой список раширений:
Дата последнего обновления: Thu, 15 Nov 2007 02:32:08 GMT
User Agent: Mozilla/5.0 (Windows; U; Windows NT 5.1; ru; rv:1.8.1.6) Gecko/20070728 Thunderbird/2.0.0.6

Расширения (включено: 11, отключено: 0; всего: 11)

[*]Contacts Sidebar 0.7+
[*]FoxyTunes 2.9.5.21
[*]FoxyTunes Skin - [R]evolution-lite 0.9.2
[*]InfoLister 0.9f.2
[*]Minimize To Tray Enhancer 0.7.5.3
[*]MinimizeToTray 0.0.1.2006102615+
[*]Quote Colors 0.2.8
[*]Splash 1.2.2
[*]Talkback 2.0.0.6
[*]Tb Progress History Extension 0.1.6
[*]United States English Dictionary 2.0.0.6 2.0.0.6

Темы (10)

[*]708090-lite [выбрано]
[*]Aquabird Black
[*]Aquabird Redone
[*]Cobalt Thunderbird
[*]Crossover X
[*]GNOME-Tb2
[*]Tango!
[*]Thunderbird (default)
[*]ThunderVista
[*]Whitehart TB