Спасибо Z&N, как сбросить настройки у FlashGot я не нашел, но попробовал его обмануть и получилось. Я назвал новый загрузчик FlashGet.exe (FlashGet, FlashGet 2, FlashGet 2.x уже были в заблокированном списке) и он это схавал. А как обнулить список не знаю.

Я еще просмотрел flashgot.log в D:\Documents and Settings\Администратор\Application Data\Mozilla\Firefox\Profiles\3lik11lj.default и понял, что моя ошибка была в том, что я сначала установил flashgot, а он просканировал в поисках загрузчиков и все из списка, что у него были - практически все известные, но не обнаруженные, он заблокировал. Нужно сначала устанавливать загрузчик и только потом flashgot.