Я считаю что должно сохраняться всё, что подгрузилось, полное состояние DOM как оно есть.
Со всеми скриптами, стилями, картинками, флешем и видео. Я сам решу, что мне надо, а что нет.
В этом плане у Opera есть недоработки, и именно из-за этого я иногда сохраняю из UnMHT.

Потестил немного сохранение в MHTML с разными брузерами.
Для теста я сохранил главные страницы сайтов BBC, Engadget, Wired и Компьютерры.
Использовал IE9 с апдейтами, одну из последних Opera 12 alpha и Firefox 6.0.
IE и Opera сами могут сохраненять в MHTML, для Firefox поставил плагины MAF 2.0.1 и UnMHT 5.6.14.
В Opera стоят какие-то баннеро- и флешерезалки, их убирать не стал.
Детально копать времени нет, но если кому надо, вот архив: http://narod.ru/disk/23312619001/mht_test.7z.html
Теперь краткий разбор полётов.
Opera сохраняет страницы практически мгновенно. Внутри архива файлов меньше, чем у MAF и UnMHT, но больше, чем у IE.
.css и .html. практически не трогает, оставляет как есть.
IE сохраняет меньше всего, капитально переформатирует .css и .html. По скорости сохранения на 2 месте. В старых версиях было сильно хуже.
UnMHT сохраняет больше всего данных. Работает довольно быстро. Можно сказать - эталон.
MAF По скорости примерно равен UnMHT, может чуть быстрее. Сохраняет