Именно объединять сообщения в одну папку я не хочу. Бывает нужно разделить их. Я хочу какой-то режим, который бы строил общее дерево из двух источников.

Тут хорошо, что они их не объединяет физически, мне нравится как замена того сообщений списка, что было по умолчанию. Но не удобно, что само дерево остаётся прежним - только входящие, общие сообщения есть только в просмотре.