Проблема сейчас уже решилась по крайней мере у меня. Что я только сегодня не делал, а оказалось все дело было в аппаратном ускорении. В настройках убрал галочку с "По возможности использовать аппаратное ускорение" и все заработало как надо. Однако я не понял почему это так повлияло, и в чем причина(в компьютере или все же баг firefox)... В Firefox 12 вроде аппаратное ускорение включено по умолчанию, или я что то путаю? На другом, слабом компьютере аналогичной проблемы на Firefox 12 не было.

Информация для решения проблем:
[spoiler]Сведения о приложении

        Имя
        Firefox

        Версия
        12.0

        User Agent
        Mozilla/5.0 (Windows NT 6.1; WOW64; rv:12.0) Gecko/20100101 Firefox/12.0

        Папка профиля

          Показать папку

        Включённые плагины

          about:plugins

        Конфигурация сборки

          about:buildconfig

        Сообщения о падениях

          about:crashes

        Использование памяти

          about:memory

  Расширен

Нашлось решение проблемы? У меня все тоже самое, как описал автор темы. Перепробовал все. Ничего не помогает. По прежнему пропадают окошки.((( Скорее всего что то в винде. Так как на другом компьютере все хорошо работает.