У меня была подобная пропажа. Попробуй посмотреть консоль Явы, там ошибки профиля упоминались, была ссылка на файл "C:\Documents and Settings\%user%\Application Data\Mozilla\Firefox\Profiles\xcrjm7k8.default\localstore.rdf", он у меня был не нулевого размера, но пустой. Удалил файл, загрузил Firefox, все появилось. :)