И каким образом она может влиять на размер только окна Thunderbird, а остальные сохранять так, как они и сохранялись?

Valrav, у меня Windows и с завидной регулярностью если выполнить "Завершение работы" системы и при этом Thunderbird свернут в панель задач, то при следующем запуске у его окна размер будет так примерно 120x50 пикселов. Причем это стабильно повторяется из версии в версию уже очень давно. Так что скорее всего таки есть у Thunderbird'а проблемы с сохранением размера и состояния окна при выходе и KDE тут скорее всего никаким боком. Может конечно есть еще и специфические для каждой системы "национальные особенности".

необязательно, в винде можно это указать в свойствах ярлыка.(в каком виде запускать - свернутое,развернутое, на весь экран)

Dzirt
Автор темы или будет искать способ исправить проблемы или найдет другой клиент. Вот способ я и назвал.

Способ есть, в графической среде KDE есть опция принудительного запоминания размера окна.
KDE написана на библиотеках QT, а мозилла на GTK. В QT-среде это частая проблема, когда GTK-приложения не запоминают размеры окна. У некоторых даже с firefox-ом аналогичные проблемы есть, но у меня такая проблема возникла только thunderbird и еще с одной программой. Так что тут проблема была в совместимости.