Небольшое введение. Существуют две основных методаработы с почтой: Online и Offline.
Согласно offline методу почта доставляется на сервер, а пользователь ПК периодически запускает почтового клиента, который выкачивает всю новую почту на ПК. Вся обработка почты, например её фильтрация, происходит на локальной машине. Offline доступ - сервис для "хранения и пересылки", предназначенный для пересылки почты по требованию с почтового сервера на единственную конечную машину. Однажды доставленные на конечную машину, сообщения удаляются с почтового сервера.
В случае online доступа, почта также доставляется на разделяемый сервер, но клиент уже не осуществляет копирование всей почты с последующим ее удалением с сервера. Online подход более клиент-серверный. В этом случае клиент может запросить у сервера заголовок сообщения или запросить поиск сообщения по некоторому критерию. Письма могут быть помечены различными флагами статуса (например, письмо помечено для удаления или на него был послан ответ) и эти отметки сохраняются до тех пор пока не будут явно удалены пользователем (что может не произойти до следующей сессии).
·    Преимущества offline метода:
     -Минимальное время соединения с сервером. 
     -Минимальное использование серверных ресурсов. 
·    Преимущества online метода:
     -Способность использовать разные компьютеры в разное время. 
     -Способность использовать "облегчённые" клиентские машины. 
     -Платформо-независимый доступ к нескольким почтовым ящикам. 
     -Возможность одновременного доступа к разделяемым почтовым ящикам. 
Основное преимущество online доступа состоит в том, что почтовые ящики с входящей и архивной почтой хранятся на сервере и к ним можно единообразно получить доступ с различных компьютеров в различное время. И всё это можно осуществлять без использования протоколов общего доступа к файлам (эти протоколы существуют далеко не на каждой платформе, могут уступать в производительности и вызывать проблемы блокировки файлов (file locking). Всё это не нужно для тех пользователей, которые всегда использует один и тот же компьютер для доступа к почте, но становится очень важным для тех, кто использует несколько компьютеров. 

POP был разработан для поддержки offline обработки почты. И хотя ограничения offline доступа могут быть скомпенсированы использованием этого протокола в online режиме, POP просто-напросто не имеет некоторой функциональности, требуемой для высококачественного online доступа. Псевдо-онлайн режим доступа, поддерживаемый POP3 заключается в том, что пользователь оставляет почту на сервере и это часто требует наличия remote file system protocol для того, чтобы почтовый клиент сумел обновить почтовый ящик или установить флаги сообщения. 
IMAP также может применяться для offline доступа, но его мощь проявляется в первую очередь при online доступе. Если сказать вкратце, то IMAP позволяет манипулировать удаленными почтовыми ящиками, как будто они являются локальными. В зависимости от реализации IMAP клиента и почтовой архитектуры, которую пожелал иметь управляющий почтовой системой, пользователь может сохранять сообщения только на клиентской машине, только на сервере или иметь выбор сделать и то и другое. 
Приведём теперь краткое сравнение протоколов POP3 и IMAP4 
·    Характеристики, общие для обоих протоколов
     -Оба поддерживают offline доступ 
     -Почта доставляется на общий, всегда работающий почтовый сервер 
     -Новая почта доступна с большего числа клиентских платформ и из любого 
       места в сети
     -Протоколы открыты и стандартизованы (в Интернет есть соответствующие RFC) 
     -Ориентированны только на считывание почты, для отсылки оба используют SMTP 
     -Оба протокола поддерживают постоянные ID сообщений 
       (POP3 - не все сервера), которые используются для disconnected доступа 
·    Преимущества POP3
     -Легче реализовать 
     -Больше клиентов существует на данный момент 
·     Преимущества IMAP4
     -Может манипулировать постоянными флагами сообщений (Seen, Draft, Deleted,...) . 
     -Может, как хранить сообщения, так и скачивать их. Есть возможность добавления 
       сообщений в почтовый ящик. 
     -Может работать с множеством почтовых ящиков (возможно даже иерархических). 
     -Может поддерживать параллельный доступ к почтовым ящикам и параллельное их обновление. 
     -Подходит для доступа к не почтовым данным, например к Usenet новостям или документам. 
     -Может использовать offline доступ, для уменьшения времени соединения и используемого дискового пространства. 
     -Позволяет осуществлять поиск писем на сервере. 
     -Есть возможность скачать часть письма, причём можно скачать фрагмент начиная с любого места и любой длины. 
     -Разработан специально для повышения производительности online доступа, особенно для медленных соединенией. 
     -IMAP4 rev 1 поддерживает стандарт Unicode (почтовые ящики с Unicode именами, поиск сообщений) 
     -Существует стандартизированный способ расширения базового протокола. В частности есть расширения для управления квотами пользователей и их правами доступа к чужим или разделяемым почтовым ящикам.
    -Существуют "протоколы-компаньоны" (IMSP и его приемник ACAP) для хранения и манипулирования настройками пользователей. 
А теперь подробнее: 
IMAP может манипулировать постоянными флагами статуса сообщения, включающих "Seen", "Deleted", "Answered", а так же определенные пользователем флаги. IMAP позволяет хранить сообщения, а так же получать их с сервера. Пользователь может добавить сообщение из ящика входящих сообщений в архивный ящик (или наоборот) С помощью IMAP клиент может иметь доступ и управлять несколькими почтовыми ящиками. Это включает в себя как возможность именовать и получать доступ к различным архивным ящикам и ящикам для входящей почты, так и способность получать их список, создавать, удалять и переименовывать их. Эти почтовые ящики могут находиться как на одном, так и на разных почтовых серверах. IMAP клиент может позволить видеть их все одновременно и перемещать сообщения из одного ящика в другой. 
IMAP может позволять одновременный доступ и обновление общих почтовых ящиков. Эта способность удобна в случае если несколько клиентов обрабатывают сообщения, приходящие в общий inbox. Все активные клиенты оповещаются об изменениях состояния почтового ящика через IMAP. 
IMAP можно использовать для доступа к не почтовым данным, например к News-группам. Это удобно с точки зрения унификации метода доступа к различным классам информации. IMAP также поддерживает offline доступ, который позволяет экономить время соединения с сервером и серверные ресурсы. Offline метод удобно использовать в ситуациях, когда доступ к серверу происходит только по дорогому коммутируемому соединению и многоплатформенный доступ к какому-либо почтовому ящику не требуется. Также выгодно использовать такой доступ, в случае если клиентская машина богата ресурсами, а сервер беден. 
Не все IMAP клиенты предлагают поддержку offline режима, но протокол это позволяет в полной мере. Для IMAP существует протокол-компаньон, предназначенный для управления настройками пользователей, который называется IMSP, Internet Message Support Protocol. IMSP делает возможным независимый от расположения (многоплатформенный) доступ к персональным настройкам пользователя, например к адресной книге. [Его потомок ACAP позволяет хранить также настройки для серверов, групп пользователей. ACAP специально оптимизирован для уменьшения количества пересылаемых по сети данных, имеет богатые возможности по поиску на стороне сервера, позволяет управлять правами доступа к данным.] 
IMAP имеет конструкции для оптимизации online доступа, в особенности по низкоскоростным каналам. Эти конструкции включают возможность получить структуру сообщения не скачивая его целиком на клиентскую машину, избирательное скачивание частей сообщения и способность использовать сервер для поиска, с целью уменьшения количества передаваемых данных между клиентом и сервером. Очень полезным бывает отложить пересылку до подходящего момента некоторых сообщений или их частей [с сервера на клиентскую машину], если сообщения не представляют непосредственного интереса. В случае если сообщение содержит прикрепленные документы или мультимедиа данные, передача только части сообщения может оказаться большим преимуществом. Это можно достаточно наглядно ощутить, например, если Вы находитесь в гостинице и Вам присылают короткое сообщения с присоединенным 10Mb видео клипом. 
Эффективная обработка MIME сообщений является значимым преимуществом IMAP над POP. (MIME - Multipurpose Internet Mail Extensions, стандарт для кодирования сообщений, содержащих произвольные присоединенные файлы. После кодирования сообщений MIME их можно посылать с помощью SMTP.) 
Подытожив, можно сказать, что IMAP выигрывает у POP в трех областях: 
·    более богатая функциональность для манипулирования почтовым ящиком
·    возможность управлять несколькими почтовыми ящиками, а не одним
·    примитивы для оптимизации производительности online доступа, особенно если дело касается больших MIME сообщений.
Преимущества POP над IMAP:
·       наличие большего числа реализаций, как клиентов, так и серверов
·       простота настройки (так как у pop маленькая функциональность, то и настраивать ничего не нужно).

По-моему со временем IMAP должен вытеснить POP. 
 
Описание POP3 можно найти в RFC-1939. IMAP4 описан в RFC-2060. 
Список IMAP программного обеспечения можно найти по адресу http://www.imap.org/products.html, а список документов, имеющих отношение к IMAP можно найти http://www.imap.org/biblio.html.   
Также потенциальный интерес могут представлять 
http://www.imap.org/imap.docs.html (подборка IMAP документов); 
Message Access Paradigms and Protocols (данный документ является более полным описанием изложенных в статье идей, кроме того в нем детально описана терминология и предоставлена информация о протоколах POP и IMAP в контексте online доступа).