Не переживайте сильно по SSEP т.к. Сертификат продлеваться не будет и действует до 17.04.2017
Т.е уже в сдел году он потеряет какой либо интерес, если только его не применяют чтоб "прикрыться" сертиф. средством.
Мог бы предположить, что затирание включено, но в этом средстве вроде не было такой функции.

Первое у вас POP или IMAP?
Мне кажется второе, потому при попытке удалить SSEP может начинать перепроверять письма, т.к. начинается анализ...
Потому в вашем случае надо смотреть как настроены фильтры.
Возможно к вашему серверу ведут какие то особые пути (порты изменены и т.п.) и потому по тем которые по умолчанию заданы,
обращение идёт в самую последнюю очередь, что и замедляет выполнение операций.
Включите АУДИТ в SSEP и понаблюдайте, что он начинает творить и куда закрывает доступ.