Инструменты->Консоль ошибок:
Ошибки. Предупреждения.Сообщения

Ошибка: JSON.parse: unexpected end of data
Источник: chrome://messenger/content/folderPane.js
Строка: 196
Interface module loaded.
Timer made.
Registering observer for startup completion.
Timer got called back!.
Impoting setup
globally globalStartuping
Did it.
Ошибка: элемент не найден
Источник: https://testpilot.mozillalabs.com/testcases/index-tb.json
Строка: 1
Ошибка: formatURL: Couldn't find value for key: TIME_SESSION_RESTORED
Источник: resource:///components/nsURLFormatter.js
Строка: 131
Предупреждение: WARN addons.updates: Update manifest for {972ce4c6-7e08-4474-a285-3208198ce6fd} did not contain an updates property
Источник: resource:///modules/AddonUpdateChecker.jsm
Строка: 304

вот что я нашла. сама не разберусь.

C:\Users\ИМЯ\AppData\Roaming\Thunderbird\Profiles\exi72n5e.default\Mail\pop.mail.ru - папки есть и письма в них тоже есть (судя по объему)
Как вернуть папки и их содержимое на место? помогите, пожалуйста!

выше в "Что то натыкал...помогите, как это поправить?" отвечают, нужно попробовать.....

У меня та же проблема, только одно но. Два ящика на gmail и один на яндексе. Так вот с gmail все ок, а вот яндексовский ящик не видит папки с почтой. Хотя в профиле судя по объему вся почта сохранилась.
Сделал вышеописанное - не помогло. Что делать дальше не ясно.

У меня thunderbird portable 11.
Вопрос с потерей папок решился очень просто.
Я перенес все файлы на жесткий диск компьютера, те файлы которые не перенеслись из-за ошибок я просто удалил, затем вернул все файлы на флешку. И каким-то не ведомым для меня образом thunderbird сгенерировал файлы которые были с ошибками заново. И все заработало.