Вкратце суть такова: скачал расширение "minimize to tray" - и при получении нового письма в трее появляется иконка, и исчезает только когда на ней нажать. Но если сообщение, которое пришло, переносится фильтрами в локальную папку (а точнее - подпапка в разделе "локальные папки"), то никакого уведомления не происходит.

Как сделать так, чтобы уведомляло в трее даже если сообщение фильтрами переносится в локальную папку?

На вопрос "а почему папки нельзя создать как подпапки к входящие" ответ простой: локальные папки работают быстрее + поймал кучу лулзов, пытаясь применить фильтры к уже принятым письмам, + после перезапуска тандерберда половина папок перестает отображаться в списке, а те, что остались - не удаляются (часть писем даже потерял навсегда, так как они остались в невидимой папке, куда уже нет доступа). А с локальными папками таких лулзов не наблюдаю.