Собственно, сабж...
Настроить фильтр для удаляемых писем. Если удаляется руками, снять галку в Инструменты-Настройки-Дополнительно-Ждать ... секунд перед пометкой сообщения как прочитанного.
Ну снял галку... Как помещались они в Удаленные непрочитанными, так и помещаются 
Ну снял галку... Как помещались они в Удаленные непрочитанными, так и помещаются
а если открыть область просмотра и удалять с ней? 
Блин, значит так...
Получаю с утра почту (IMAP). Скажем, получил десяток писем (заголовки), прочитал нужные (и они отметились как прочитанные), остальные просматривать не собираюсь и хочу все сразу удалить, выделяю все... И если после этого нажимаю "Удалить", то они в таком виде и помещаюстся в папку удаленные - половина прочитанные, половина - нет. И соответственно в папке Удаленные постоянно отображается как папка с непрочитанными сообщениями. Поэтому перед удалением приходится метить все как прочитанное.
Причем тут область просмотра?
http://www.chuonthis.com/extensions/buttons.php
The following buttons are available to be added to the Thunderbird toolbars:
...
Delete! button that marks the selected message as read and then deletes the message.
...
А вот за это безусловное спасибо, то, что надо! И даже сверх того.