На нескольких компьютерах организации пропадают письма. Остаётся 200 рандомных входящих. "Починить папку" ничего не меняет. Остальные папки не изменяются.
Что делать?

Точно ровно 200? Если так то проверьте свойства папки, вкладка Настройки хранения сообщений. Может быть там в параметре "Удалять все кроме последних" указано 200? Попробуйте поставить галку "Использовать параметры моей учетной записи" если ее там нет.
Т.к. у Вас проблема только с одной папкой, скорей всего проблема не в глобальной настройке и галку можно смело установить.