Имеется бекап почты, а именно папки ImapMail (imap.server.web) и Mail (Local Folders, smart mailboxes). Там собирались письма с почтового ящика, который нынче подключен в программе. То есть, за время какие-то письма появились, какие удалились. Меня интересует, чтобы не появились письма, которые я удалил, чтобы их повторно удалять. Понимаю, что по логике с imap должно быть все ок, ибо он не хранит письма на ПК, но также ведь были и другие папки на ящике.
Что касается локальных писем, то с этого же ящика какие-то я сохранял на ПК. Я так понимаю, что их в принципе можно импортировать и все будет ок.

В целом, задача такая, залить эти папки в нынешний профиль без косяков.

Ничто не мешает подключить файл IMAP-почты в качестве папки Локальной почты.