Здравствуйте. Я использую портативную версию браузера. После переустановки системы, из папки, передвинул заначек на панель задач. Но дело в том, что когда запускаешь firefox, имеющийся там ярлык не подсвечивается, как другие расположенные там (при запуске соответствующих программ), а дублируется в конце списка, и уже он выделен как запущенный. Если же закрепить его, то при запуске браузера нажатием на этот, новый ярлык, запускается чистая версия браузера. Без закладок, дополнений и всего остального. Если начать настраивать эту версию под себя, то изменения сохраняются, но слишком уж много всего переносить. Как решить эту проблемку?

Всё верно. Вы передвинули значок пускача, файла вроде FirefoxPortable.exe который запускает сам Firefox, у которого и значок свой и ID для Windows.
То есть по сути другую программу, которая после запуска запускает сам Firefox.
Если закрепите второй — то Firefox запустится, но поскольку запустите его без пускача, то он создаст профиль в c:\Users\поьзователь\AppData\Local\Mozilla\ , то есть запуститься уже не как портативный. Нормального метода решить эту проблему нет, можете погуглить, есть варианты, но они кривые до невозможности.

Выход — отказаться от закрепления, либо использовать тру-версию портабла, гуглить "Firefox метод трёх файлов", обычно первая же ссылка в выдаче.
Не выйдет нагуглить — спросите в личке, дам ссылку.