Добрый день.
Есть имап папка с кучей вложенных подпапок. Нужно перенести на локальный комп почту за предыдущие года с сохранением иерархии. Это возможно сделать?

Да. В настройках архивации выберите эти параметры и будет иерархия.
НО смотрите чтоб папки были не больше 4 ГБ.
Если так то разбивайте по месяцам (я так делю) иначе в один год может не войти.