Добрый день, проблема заключается в том, что есть более 7 компьютеров с последней версией thunderbird, на которых настроен один почтовый ящик домена mail.ru. 19.10.2016 В 14:30 по МСК пришло последнее сообщение по протоколу pop3, после чего в логе программы пишет, что есть новые сообщения, происходит загрузка, но входящих писем нет. Данная проблема образовалась сразу на всех почтовых клиентах, где настроена данная почта. Настройки в программе никакие не менялись, после возникновения проблемы была настроена та же почта через протокол imap и письма стали приходить. Подскажите, пожалуйста что может быть за проблема?

Это не проблема, а POP. Если вы говорите что не кто не чего не менял - надо проверять это.
А то говорят.. а потом оказалось у кого то сняли галочку.

В принципе на сколько я я помню, если забыть оставить пометку "Оставлять на сервере" POP всё выгрузет.
В вашем случае если по IMAP вы получили данные, то значит у вас такой функции нет (не кто не включил).
Потому остаётся только одно, проверить настройки на самом сервере, возможно раньше было - принимать все
сообщения и те которые прочитаны, а теперь отрабатывает как должно быть при POP.

Это как вариант конечно.