Firefox Developer Edition 43.0a2, Linux. Скачан с официального сайта, установлен путём распаковки.

Мозилла открыта на весь экран (на самом деле это не имеет значение, просто для примера), на половину экрана открыто другое окно. Каждый раз, когда я возвращаюсь из второго окна в мозиллу, у меня в мозилле не работает скроллинг. Приходится файрфокс свернуть и снова развернуть. После этого всё нормально до тех пор, пока я снова не перейду во второе окно и не вернусь в мозиллу.

Что с этим можно сделать?

Ага, еще один (кроме меня) страдалец. Тоже иногда в Developer пропадает скроллинг. Правда, я действую проще: тычок в соседнюю открытую вкладку и возврат - восстанавливается.
Tetramin, попробуйте отключить режим e10s: возможно, это связано с ним, бо глюков в нём - немерено!

Попробовал. Не помогает, к сожалению.

Видимо, исправили в новой версии. Больше не замечал такой проблемы.