Проблема в том, что раньше тандер загружал только новые сообщения, а те которые я удалял из программы уже не загружались. (но письма хранились на сервере)
Так вот сегодня я вошел в почтовый клиент и у меня началась загрузка 6000+ старых сообщений. что делать? как сделать так что-бы загружались только новые сообщения?!

У меня такая же проблема. Произошло только с ящиками яндекс почты.
Проблему решала загрузкой всех сообщений и повторным удалением, при этом в параметрах сервера поставила галочку "пока я не удалю их". Только после этого они перестали повторно загружаться.

6000+ новых сообщений на нескольких компьютерах заново загружать слишком проблематично. как решить проблему? помогите

ChieFAN, с чего вы вдруг внезапно решили, что проблема в Thunderbird'е? Ну поменял что-то Яндекс у себя на серверах, теперь сообщения нумеруются по другому и Thunderbird видит, что на сервере есть сообщения, которых у него никогда не было. Он их что - проигнорировать должен? Обращайтесь в техподдержку Яндекса, пусть они сами свои проблемы решают.