Всё работало отлично, пока не запустил от имени рута.

После этого случайным образом, примерно 50/50,
1) вариант всё работает нормально, или
2) не удаляются сообщения, не работают фильтры, всё остальное работает.

Т.е. если при запуске не удаляются сообщения, я перезапускаю программу один-два раза, пока не начнёт работать нормально.

Права на папку Thunderbird в home выставлены нормально.

В чём может быть дело?