У меня на компьютере установлен Thunderbird настроенный на получение почты по протоколу POP3.
На смартфоне стоят почтовые клиенты настроенные на чтение по протоколу IMAP.
В течение дня читаю почту на смартфоне.
Прихожу домой и при запуске Thunderbied все письма скачиваются  на компьютер как непрочитанные, даже те что уже прочитал на сервере.
Не нашел ни в настройках ни в интернете ссылок на настройки или плагины, которые позволили бы отмечать в Thunderbird письма прочитанные на сервере как прочитанными после скачивания их на комп.
Каким образом можно реализовать данную возможность не переходя на протокол IMAP?

Newrob пишет

Каким образом можно реализовать данную возможность не переходя на протокол IMAP?

Никак. POP3 вот так работает, его так изначально придумали. В нем вообще не предусмотрено никаких "письма прочитаны на сервере", так что переходите на IMAP и не морочьте в первую очередь себе голову.