Можно ли полностью запретить проверку обновлений для расширений, у которых автоматическое обновление отключено? Чтобы не появлялся пункт доступные обновления.

попробуй в about:config заменить все адреса начинающиеся на:
https://addons.mozilla.org/
https://services.addons.mozilla.org/
https://versioncheck-bg.addons.mozilla.org/
https://versioncheck.addons.mozilla.org/
===
Этим - https://127.0.0.1