У меня на почтовом сервере имеются папки в которые по настроенному фильтру на сервере размещаются письма. Когда Thunderbird загружает письма в локальные папки по протоколу POP3 они попадают во входящие, а не в те папки в которых они находятся на сервере.
Как изменить настройки Thunderbird, чтобы письма загружались в те же папки, что и на сервере?

Этот вариант  понятен.
но если на сервере уже настроены фильтры, почему бы не загружать сразу настроенные папки, а уже потом, на что не настроено создавать фильтры в TB.
Должны же быть такие настройки...

Конечно же, они есть. Их описание начинается со слов IMAP... Как нетрудно догадаться, в POP3 даже понятия "папка" не существует.