Можно ли сформировав файл на диске положить его в Thunderbird таким образом чтобы он попал в папку отправленные, без реальной отправки ?
Ящик POP3.

Pop, насколько знаю, нет, а вот IMAP - без проблем.

Если вы можете сделать файл письма по всем канонам и присобачите к нему расширение "eml", то достаточно просто перетащить его в папку "Отправленные".
Неважно IMAP или POP3.