Есть чуть больше 100 рабочих станций. Нужно на всех в хранилище сертификатов Thunderbird добавить сертификат CA компании. Есть какие-нибудь способы сделать это в "пакетном режиме"?

С помощью команды certutil можно добавить сертификат в базу сертификатов NSS. К сожалению все примеры под Linux:
http://mindref.blogspot.com/2011/02/nss … icate.html
http://code.google.com/p/chromium/wiki/ … Management
http://www.mozilla.org/projects/securit … ml#1034010

Certutil для Windows можно скачать с ftp://ftp.mozilla.org/pub/mozilla.org/s … 3.11.4.zip