Задача поставлена не криминальная. Руководителю необходимо, чтобы все письма, которые поступают ему на ящик, параллельно приходили и на ящик его ассистенту (без осведомления отправителей о том, что при отправке письма ему на ящик ставить ассистента в копию). Проще говоря, возможно ли в Thunderbird получать скрытые копии, так чтобы при прочтении письма в учетной записи ассистента, Руководитель также видел на своей учетной записи, что письмо уже прочтено?

Если же получать, таким образом, скрытые копии невозможно, имеется второй вариант-догадка: создать в Thunderbird ассистента учетные записи Руководителя и получить к ним полный доступ. Но при этом опять таки встает вопрос: при просмотре писем ассистентом, Руководитель уже будет видеть какие из них прочтены?
И второй вопрос как настроить генерацию входящих писем так, чтобы они автоматически помещались в папку, допустим, с грифом "Важно", от определенного круга лиц?

Это IMAP.

Это фильтры.

Всё это лучше решать средствами самого почтового сервера. Thunderbird - клиентская программа, а не маршрутизатор почты.