В старой версии Thunderbird у Мастера учетных записей был флажок "Использовать общую папку "Входящие" (хранить почту в "Локальных папках")". Я всегда им пользовался, чтобы не плодить папки при добавлении новых учетных записей. С тех пор, как Thunderbird обновился до 3 версии, я не могу найти способа, как создать новый почтовый аккаунт (учетную запись) без создания для него отдельных папок. Если кто знает, подскажите, буду благодарен.

Не понял, о какой ручной настройке вы говорите. Если о кнопке "Manual Setup" в окне "Mail Account Setup", то именно по нажатию этой кнопки и появляются новые папки, соответствующие новому, еще не настроенному аккаунту. И никакие ручные настройки (мне кажется, я перепробовал все) этот факт потом не отменяют.
Может быть, есть способ как-нибудь сразу выйти на ручную настройку аккаунта и там где-нибудь, как встарь, указать, что не надо, мол, мне новых папок, пользуйся уже существующими?

Ага, понял. Выяснилось вот что. Для протокола IMAP под указанной кнопкой "Дополнительно" - совсем другие настройки, чем для POP. А я настраивал именно IMAP, потому что кто-то мне сказал, что "реальные пацаны юзают ИМАП". Прочитав статейку на эту тему, понял, что для IMAP отдельные папки просто необходимы, они соответствуют папкам на сервере. Как минимум INBOX у каждого IMAP-аккаунта должен быть свой. Второе, что я понял, что этот ИМАП мне сто лет не нужен, и стал настраивать POP для этого ящика. Новые папки появились-таки после настройки, но исчезли после перезапуска Thunderbird.
Спасибо, pi.v.vitaly, за подсказку.