Всем здравствуйте! После установки и запуска Thunderbird начинают прогружатся входящие сообщения  с сервера и появляются в папке "Входящие", а можно так же загрузить исходящие сообщения которые хранятся на сервере mail.ru?

Только если использовать протокол IMAP, который на Mail.Ru не поддерживается официально (хотя, по слухам, работает).

видимо как и многие кто сюда обращаются, я решил проблему сам. На винде у меня стояла Thunderbird, в папке профиля нашел файлик Send и положил его в /home/user/.thunderbird/l726slco.default/Mail/pop.mail.ru. Перезапустил птицу и все!