Подскажите, как настроить, чтоб при наборе сайте в строке запроса, первым результатом была не самая часто посещаемая ссылка этого ресурса(или по какому критерию оно их расставляет), а его главная страница?

Это, конечно, можно, но сложно. Попробуйте дополнения пошерстить, может, кто и сделал что-то подобное.

Если я правильно себе представляю то, как вы посещаете сайты, вам может помочь увеличение значения places.frecency.typedVisitBonus.
Не уверен, что эффект наступит сразу, до тех пор можно начинать запросы в адресной строки с "~" (в случае на вашей картинке "~ habra").