Сегодня Thunderbird захотел проапдейтится, я согласился, после чего его окно исчезло.
Запускаю - процесс появляется - окна нет.
Переустановка ничего не дала - также запускается сам процесс, а куда окно делось - не понятно.
Причем в момент запуска что-то иногда мигает, есть подозрение, что это и должно бы быть окошком приложения....
Как бы его вернуть?

Сотрите его программную папку целиком и поставьте заново. И проверьте настройки файрволла/антивируса.