Проблема присутствует во всех проверенных мной версиях 2-й и 3-й ветки:

Почтовый ящик содежит вложенные папки внутри папки "входящие", настроены фильтры вида: "почту от указанного отправителя перемещать в указанную папку",
подключение к серверу настроено через imap.
При этом пока сервер работал на postfix - проблемы не было - она проявилась именно при переходе на ms exchange.

В случае, если запущен TB с настроенными фильтрами, и во вложенную папку пришло сообщение, то она (папка) должна выделиться жирным, и справа в скобках должно быть написано о новых сообщениях.
Проблема в том, что примерно в 70% случаев этого не происходит, пока на нее не нажать.

Причем если TB не был запущен в момент прихода письма, то при запуске папки корректно отображаются как содержащие новые сообщения.

OS linux (разные), TB - 2.x 3.x