Доброго времени суток!
Если какая-то возможность сделать так что бы для разных ящиков был разный список меток?
А-то выбирать из огромного к-ва как-то сложновато...

С помощью фильтров думаю это легко сделать.

В смысле?
что бы они автоматом назначались?
Нет, я хочу что бы в одной учетке птицы на разных ящиках список доступных меток был разным..

Постарайтесь убедить Thunderbird в чём-то таком:

var allowedTags =
{
'Яндекс' : ["Важное", "Рабочее", "К исполнению"] ,
'GMail' : ["Личное", "Отложено", "Перечитываемое"]
};

eval (
'InitMessageTags = ' +
 InitMessageTags.toString().
 replace
 (
 'menuPopup.insertBefore(newMenuItem, menuseparator);' ,
 'let accountName = gFolderDisplay.displayedFolder.server.prettyName;' +
 'if(allowedTags[accountName].indexOf(taginfo.tag) != -1)' +
 'menuPopup.insertBefore(newMenuItem, menuseparator);'
 )
);

Сделать это можно в коде инициализации кастомной кнопки, например.

Простите, а можно подробнее? (или где почитать?)

Custom Buttons и у меня в подписи в Готовых кнопках в заглавном посте есть небольшой хелп для новичков как создать кнопку
также там ссылка на тему по ним где подскажут.