Как отучить firefox запускаться поверх других окон? В настройках такого не нашел.

Поясните подробнее.

А что непонятного? Firefox у меня запускается поверх других окон (не всех). Как это отключить?
Я раскладываю Косынку, Солитер и запускаю Firefox, окно которого оказывается поверх окна игры, хотя я продолжаю играть. Аналогично со многими другими приложениями (Thunderbird, Opera...).

Ну, раз это происходит "со многими другими приложениями", тогда Вам тут нужно спросить.

А что мне ТАМ делать? Вы меня не так поняли. Под фразой

я имел ввиду, что Firefox запускается поверх окон этих приложений.

Если поработать в новом профиле, ошибка пропадает?

пкм по ярлыку приложения -Свойства и выбираем размер окна  свёрнутое в значок

Да! После создания-запуска-удаления нового профиля, (пока?) все нормально и на старом профиле. 

Мистика