При установке программы изменили путь к "Локальные папки", указав не системную, а специально созданную на другом диске папку. Как следствие - пропала папка Входящие.
Теперь и при переустановке программы не возвращаются начальные настройки.
Вопрос - как восстановить Локальные папки?

Подозреваю, что Вы пытаетесь переустановить ТВ, оставив старый профиль. Так не пойдет. Попробуйте так:
1. Скопируйте старый профиль куда-нибудь, например в специально созданную папку.
2. Деинсталлируйте программу Thunderbird.
3. Уничтожьте исходный профиль, а лучше всю папку "Thunderbird" в каталоге AppData.
4. Установите ТВ заново.
5. Найдите в НОВОМ профиле файлы inbox, sent, (если надо) draft и замените их соответствующими файлами из сохраненного СТАРОГО профиля.
6. Запустите ТВ.

О профилях, что они такое, где расположены и т.п. можно прочитать  здесь.