Интересует такая штука.
Есть ли возможность включить/выключить расширение изменив какие-либо файлы в текущем profile?
Похоже надо менять эти три файла?
extensions.cache
extensions.ini
extensions.rdf

Если их удалить, то все выключенные расширения включаются, а эти три файла восстанавливаются.

Попробуйте в extensions.rdf прописать атрибут NS1:userDisabled со значением true или false у того элемента RDF:Description, у которого значением атрибута name является название интересующего вас расширения.