пользуем в отделе TB3+imap+win XP
всех, время от времени, появляется проблема, некоторые письма помечаются непрочитанными.
это могут быть как вчерашние-позавчерашние письма, так и письма 2-х - 3-х летней давности.
папка может быть любой.
проблема может появляться 2-3 раза в день, а может не вылазить неделю.

пробовали производить полную синхронизацию почты, проблему не решает.

Аналогичная проблема, причём в данный момент воспроизводится сколько угодно раз: отметил папку, как прочитанную, перешёл в другую папку и вернулся назад, опять получаю кучу непрочитанных писем. Захожу на сервер через www-интерфейс --- непрочитанных писем нет. Т.е. отметки "непрочитанности" отображаются только на клиенте.

Также: imap (dovecot) + TB3.0.1 под WinXP

Да, тоже так бываeт, особенно если быстро переключаться между папками. Вот небольшая демонстрация. Но и при простое тоже случается.

Можно и такую ситуацию словить, что в папке непрочитанных сообщений нет, однако название её жирное и рядом с ним в скобках число.

В роли почтового сервера Dovecot, доступа к нему не имею.
Лог Thunderbird тоже не привожу: уж больно он большой получился и личной информации полный .

Вроде бы оно: bug 540554.
В Tb 3.1a1 действительно не наблюдается.